한국과 일본은 안보·경제적 필요성에 의해 1965년 한·일 협정을 맺고 다시 손을 잡았지만 과거사, 일제강점기 피해보상, 독도 영유권 등의 문제를 완벽하게 정리하지 못했다. 이로 인한 부작용은 지금도 한·일관계를 위협하는 구조적 요인이다. 이 사안들은 지난 50년간 지속적으로 돌출하면서 양국 국민감정을 악화시켰다.
특히 독도 영유권은 서로 양보할 수 없는 문제로 완전한 해결은 사실상 불가능해 보인다. 정부는 독도는 역사적·지리적·국제법적으로 명백한 우리 고유 영토로 분쟁 자체가 존재하지 않을 뿐 아니라 외교·사법적 해결 대상이 아니라는 입장이다. 하지만 일본은 한국이 독도를 불법 점거하고 있다는 입장으로 끈질기게 독도의 분쟁지역화를 시도하고 있다.
강제징용 피해자들에 대한 배상 문제도 한·일관계를 파탄낼 수 있는 시한폭탄이다. 이 문제는 2012년 대법원이 1·2심 판결을 뒤집고 한·일 청구권협정으로 강제징용 피해자들의 개인 청구권까지 소멸됐다고 보기 어렵다는 판결을 내려 파장을 예고했다. 대법원의 배상 취지 파기환송으로 이 문제는 대법원에서 재상고심이 진행 중이다. 대법원 판결이 확정되고 손해배상 단계로 들어가면 일본 기업과 개인 간 민사소송을 넘어 양국 간 외교 충돌로 번질 가능성이 농후하다.
당장 해결해야 할 단기적 위협요소도 있다. 조선인 강제노동 시설이 포함된 일본의 근대산업시설 세계유산 등재 문제가 시기적으로 가장 시급한 현안이다. 또 아베 신조 총리의 전후 70년 담화(아베 담화)에 어떤 내용이 담길 것인지에 따라 향후 수년간의 한·일관계가 크게 요동칠 것으로 전망된다.
또 박근혜 정부는 일본군 위안부 문제를 관계 정상화의 첫번째 조건으로 내세우고 있기 때문에 이 문제에 대한 진전이 이뤄지지 못할 경우 당분간 한·일관계 개선은 기대하기 어렵다.