농어촌 기반시설 사업 등에 지출하는 ‘농어촌구조개선특별회계’(농구특회계) 예산 중 지난해 3863억원이 집행되지 않은 것으로 나타났다. 실제로 필요하지 않은 곳에 예산이 편성돼왔다는 지적과 함께, 목적세인 ‘농어촌특별세’를 일반회계로 편입하도록 세제 구조를 바꿔야 한다는 목소리도 커지고 있다.

감사원이 지난달 29일 홈페이지에 공개한 ‘2025회계연도 국가 결산 검사보고서’를 보면, 농구특회계 예산 17조3700억원 중 3863억원(2.2%)이 사용되지 않았고 586억원(0.3%)이 이월됐다.

농구특회계는 농민직불금, 연구·개발, 농촌 사회간접자본(SOC) 사업 등에 쓰이는 재원으로 절반 이상(52.3%)이 농특세에서 충당된다. 농림축산식품부·해양수산부 사업 재원으로 쓰이며, 이 중 일부는 지역균형발전특별회계를 통해 지방자치단체에 포괄보조금 형태로 배분된다.

지자체는 이를 한국농어촌공사 등에 위탁해 복지관이나 농로 등 SOC를 건설한다. 그러나 이 과정에서 지자체장의 정책 판단에 따라 수요를 초과한 사업이 추진되거나, 활용도가 낮은 시설이 건립되는 등 예산 비효율 문제가 반복돼왔다.

감사원은 특히 농어촌공사가 수행하는 지역개발사업에서 다 쓰지 못한 예산이 지속해서 증가하고 있다고 지적했다. 농어촌공사의 지역개발사업 미집행·이월 예산은 2020년 7456억원에서 2024년 1조2977억원으로 4년 사이 74% 늘었다.

감사원은 “사업계획 수립이나 착공 전 예산이 과다하게 교부되면서 대규모 예산 미집행·이월이 발생하고 있다”고 밝혔다. 보고서에는 세금으로 조성된 특산품 판매장이 사실상 운영되지 않거나, SOC 사업비가 과다 책정된 사례도 포함됐다.

전문가들은 재정 효율성을 높이기 위해 농특세의 구조부터 개편해야 한다고 강조했다.

이상민 나라살림연구소 수석연구위원은 14일 “농구특회계가 농민의 삶을 실제로 증진하는 곳보다는 수로, 관개시설 토건사업에 쓰이고 있으며, 개발계획만 세우고 시간이 미뤄지면서 불용 예산이 생긴다”며 “불용 예산이 발생하는 것은 재정을 보다 시급한 분야에 투입할 기회를 잃는 것”이라고 지적했다.

염명배 충남대 경제학과 교수는 “재정 수요는 매년 달라지기 때문에 농특세를 일반회계로 전환해 탄력적으로 운용할 필요가 있다”며 “예산은 포괄적으로 배분하기보다 실제 필요한 분야에 집중되도록 설계해야 한다”고 말했다.

이런 가운데 주식시장 호황 영향으로 올해 농특세는 전년보다 4조4000억원 늘어난 13조6000억원 수준으로 증가할 것으로 전망된다. 특히 이재명 대통령은 늘어난 세수를 기존 SOC 사업 대신 ‘농어촌 기본소득’ 재원으로 활용하는 방안을 제시했다.

이 대통령은 지난 10일 엑스에 “이(농특세) 예산을 종전대로 농로, 교량 등 기반시설 확보에 쓰지 않고 농어촌 기본소득 재원으로 활용해서 지속사업으로 확정하고 기본소득액을 15만원에서 그 이상으로 높이면 일석다조 효과가 있을 것”이라고 밝혔다.

국회예산정책처는 해당 사업을 전국 인구감소지역 69개 군으로 확대할 경우 연간 4조9000억원의 재정이 필요할 것으로 추산했다.